As Agências de Água integram o Sistema Nacional de Gerenciamento de Recursos Hídricos (SINGREH) e atuam como o braço executivo dos Comitês de Bacia Hidrográfica. Sua criação deve ser solicitada pelo respectivo comitê e autorizada pelo Conselho de Recursos Hídricos competente.

Enquanto essas agências não são formalmente constituídas, os Conselhos de Recursos Hídricos podem delegar, por prazo determinado, o exercício de suas funções a organizações sem fins lucrativos, denominadas entidades delegatárias.

Após a celebração de contrato de gestão com a ANA, essas entidades passam a ser responsáveis pela execução das atividades técnicas, administrativas e financeiras relacionadas à gestão da bacia, incluindo a aplicação dos recursos arrecadados por meio da cobrança pelo uso da água. Esses investimentos seguem o planejamento e as prioridades aprovados pelo Comitê da Bacia Hidrográfica.